Operațiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 și a cuprins teritoriile anexate de URSS de la România în iunie 1940. În acea noapte au fost ridicate 32 423 de persoane, dintre care 6 250 au fost arestate, iar restul 26 173 de persoane – deportate.
De obicei, o echipă formată din doi-trei militari înarmați și un lucrător al securității bătea la geamul casei, în plină noapte, luând prin surprindere gospodarii. „Într-un sfert de oră să fiți gata!” – acesta era ordinul care li se dădea oamenilor cuprinși în spaimă de cele întâmplate, neînțelegând unde merg și de ce. Deseori, printre cei care veneau să ridice oamenii se găsea și „binevoitorul” sau „binefăcătorul” care a denunțat familia și, astfel, ajuta NKVD-ul să depisteze „elementele periculoase”.
Deportaților le era permis să ia câte 10 kilograme de fiecare persoană, numai că, de multe ori, tot ce era mai de preț sau mai util în bagajele celor deportați le împărțeau între ei cei care i-au ridicat în miez de noapte.
Oamenii urmau a fi urcați în camioane și duși la gara de trenuri. La gară, persoanele erau îmbarcate în vagoanele de marfă, câte 70-100 persoane, fără apă și hrană. Pe vagoane scria: „Tren cu muncitori români care au fugit din România, de sub jugul boierilor, ca să vină în raiul sovietic. Ieșiți-le în cale cu flori!” sau „Emigranți voluntari”.
În Basarabia, vagoanele cu persoanele ridicate au pornit din următoarele locații:
# Stația Taraclia – 90 de vagoane;
# Stația Basarabeasca – 44 de vagoane;
# Stația Căușeni – 44 de vagoane;
# Stația Tighina – 48 de vagoane;
# Stația Chișinău – 187 de vagoane;
# Stația Ungheni – 48 de vagoane;
# Stația Ocnița – 83 de vagoane;
# Stația Bălți – 133 de vagoane;
# Stația Florești – 73 de vagoane;
# Stația Râbnița – 40 de vagoane;
# Stația Bolgrad – 38 de vagoane;
# Stația Arțiz – 103 vagoane;
# Stația Cernăuți – 340 de vagoane.
Despre deportările staliniste din noaptea de 12 spre 13 iunie, anul 1941, a scris și președinta Republicii Moldova, Maia Sandu.
„E o rană a neamului nostru greu de vindecat. Trecutul în care bunicii sau părinții noștri au fost duși la muncă silnică sau au fost uciși pentru ceea ce erau, și nu pentru că ar fi comis ceva, ne doare și azi. Unicul mod de a le onora memoria este să ne opunem din răsputeri unor asemenea crime împotriva libertății și dreptului la viață.
Până recent, credeam că aceste tragedii țin de trecut. Cu toții credeam că nu vom permite ca istoria să se repete și familii întregi să fie ucise sau deportate din propriile case. Dar, de mai mult de un an, astfel de crime au loc în Ucraina, iar regimul de la Kremlin a atacat o națiune liberă pentru simplul fapt că vrea să-și decidă singură destinul”, a menționat Maia Sandu într-un mesaj pe Facebook.
